南京地铁已于2019年6月18日完成全线网174个车站、所有3405个闸机通道的改造升级，实现支付宝二维码及银联NFC闪付过闸。

南京地铁移动支付闸机改造分两期进行，一期改造瞄准2018年底前实现全线网移动支付“两进两出”目标，完成了1417个闸机通道改造；二期改造于2019年2月27日启动，历时近4个月，完成了剩余1988个闸机通道的改造。期间，为解决部分重点车站早晚高峰移动支付排长队现象，南京地铁优先改造了软件大道、双龙大道、油坊桥、龙江站等11个重点车站，满足市民的出行需求。

自2018年12月26日移动支付上线以来，南京地铁联合支付宝、银联持续推出各种乘车福利，为乘客出行带来便利和实惠。同时，南京地铁移动支付的平台选择更加多样，2019年5月，“南京地铁”官方app登陆应用市场，目前在实现南京地铁乘车支付功能的同时，已与上海、杭州实现互联互通，南京市民使用“南京地铁”官方app可以在上海、杭州实现手机扫码过闸“一码通行”。后续，南京地铁将进一步推进与合肥、苏州、宁波、温州等长三角其他城市的互联互通工作进程。今年三季度，还将推动银联二维码扫码过闸尽快上线，更加便利市民出行。